Punpun Onodera é um menino normal de 11 anos que vive no Japão. Esperançosamente idealista e romântico, Punpun começa a ver sua vida dar uma reviravolta sutil - embora ainda assim chocante - para o adulto quando conhece a nova garota em sua classe, Aiko Tanaka. É então que o menino quieto aprende o quão volátil pode ser manter um relacionamento, e as dificuldades crescentes de transição de uma ingênua infância para uma complicada vida adulta. Quando seu pai agride sua mãe uma noite, Punpun percebe outra coisa: aqueles a quem ele admirava não eram tão impressionantes quanto ele pensava.

À medida que seus problemas aumentam, a timidez anterior de Punpun se transforma em reclusão voluntária. Em vez de curá-lo de seus problemas e emoções conflitantes, isso apenas intensifica-os, enviando-o pelo caminho sombrio da maturidade nesta sombria saga de amadurecimento.