Después de que Shinji y Asuka son puestos a pilotar el nuevo Eva hibrido conocido como Evangelion Unidad 01+02 tienen la capacidad de ver los recuerdos del otro es así como sus verdaderos deseos salen a la luz. Asuka y Shinji tienen que regresar de la especie de trance en la que están y derrotar al ángel que ataca la ciudad de Tokio-3.