La historia está basada en el ciclo Izumo de la mitología japonesa, el cuento del dios Susanoo y el monstruo de 8 cabezas Yamata no Orochi. El personaje principal, Momiji Fujimiya es descendiente de la mítica princesa Kushinada. Cuando Japón está amenazado por los Aragami "dioses enojados" engendrados por Yamata no Orochi, Momiji quiere sacrificarse para apaciguar a los Aragami. En su lugar, se convierte un miembro de la agencia secreta conocida como TAC encargada de combatirlos.