Cuando una misteriosa luz envuelve de repente la Tierra, la humanidad queda petrificada, congelada en piedra. Miles de años después, el mundo rebosa de vegetación y los bosques han tomado el lugar de las ciudades que una vez se alzaban con orgullo. Uno de los primeros en emerger de su prisión de piedra es Taiju Ooki, quien descubre que su buen amigo, un brillante joven científico llamado Senkuu, ha estado preparándose para su despertar. Mientras Taiju desea salvar a la chica que ama, Senkuu está decidido a descubrir la causa detrás del extraño fenómeno y restaurar el mundo a su antigua gloria.

Pero cuando liberan al poderosamente infame Tsukasa Shishiou para obtener ventaja en un mundo desconocido, se dan cuenta de que su nuevo camarada tiene otros planes. Tsukasa ve su situación como una oportunidad para empezar de nuevo; libre de la corrupción y destrucción causada por la tecnología, no escatimará esfuerzos para alcanzar sus objetivos. Con ambas partes incapaces de ponerse de acuerdo, la devoción de Senkuu por la ciencia chocará con la naturaleza primitiva de Tsukasa en lo que realmente será una batalla de las eras.