Mei no Naisho gira en torno a la vida del personaje principal Haruna Mei, un chico afeminado joven que fue criado por su madre bruja como una niña, y siempre pensaba en sí mismo como mujer. Su madre era la única familia que tenía, así que después de que ella murió, él transfiere a una escuela secundaria de niñas y viene a residir en el dormitorio de la escuela con su hablar gato familiar Abel, y su compañero de cuarto Fuuka Honjou, quien es también miembro del el comité de la moral pública. Poco después de llegar a la escuela, sus amigos descubren después de una exhibición mágica en el baño de ciudad dormitorio que en realidad es masculino, aunque esta es una gran sorpresa para él a pesar de él ser consciente de las diferencias físicas entre él y las chicas normales. A pesar de lo que se descubrió, y después de un intermedio útil del pervertido presidente del consejo estudiantil, el director de la escuela decide que él puede permanecer en la escuela.