L'histoire se déroule en 1995. Okajima Rokuro est un employé de la société Asahi Industries . Il est envoyée sur les mers d'Asie du sud-est, dans le but de livrer un mini-CD contentant les plans d'une ogive nucléaire et d'autres plans secrets. Mais, en voyage sur le cargo dont il est membre d'équipage, ce dernier est accosté et pris en otage par un bateau pirate : le "Black Lagoon ". L'équipage de ce bateau est composé de Dutch, un Afro-Américain, Reby (dimininutif de Rebeca) une femme maniant les armes à feu avec une grande précision, et Benny un informaticien hors pair. Okajima Rokuro est donc kidnappé et son mini-disque confisqué par les mercenaires. Une fois la bateau pirate arrivé à destination, Okajima remarque qu'il a été trahi par sa propre société et décide de démissionner sur le champ. Il rejoint tant bien que mal le Black Lagoon et se fraye une place au sein de cette équipe bien étrange.