À Amestris, un immense pays, l'armée tient une place très importante puisque son dirigeant, King Bradley, est également le président du pays. Cette armée est soutenue par des alchimistes, les Alchimistes d'État dont le plus jeune, Edward Elric, a pour spécialité le métal. On le surnomme le Fullmetal Alchemist. Edward a tout juste 15 ans, et parcourt le pays en compagnie de son frère, Alphonse, à la recherche de la Pierre Philosophale. Il a pour but de rendre son corps à son frère, car Alphonse n'est qu'une âme rattaché à une armure par un sceau de sang. Étant plus jeunes, ils ont essayé de redonner vie à leur mère grâce à l'alchimie, mais la tentative fut un échec cuisant, et Alphonse perdit son corps. Edward garde lui aussi des séquelles de leur tentative, puisqu'il a le bras droit et la jambe gauche en métal. Mais la quête des deux frères risque de les mener vers une vérité plus terrible qu'ils ne l'imaginaient.