L'histoire se base sur un one-shot publié peu après la fin de Shaman King. Ce dernier ne fut cependant jamais publié en volume simple (mais on le retrouve dans le fanbook "Mentalite"). L'histoire se passe 10 ans après la fin de l'édition Kang Zeng Bang. Le personnage principal, Hana, est le fils de Yoh et Anna. Il vit avec Ryû et Tamao dans le onsen de ses parents, et rêve de pouvoir surpasser son père un jour. En effet, bien que Yoh lui ait légué Amidamaru et le Futsu no Mitama , Hana se sent encore très en dessous du niveau de son père, et cela l'agace. De plus, une nouvelle menace se profile à l'horizon : les héritiers de Hao, une branche cachée de la famille Asakura, décident de revenir sur le devant de la scène, et de reprendre leur place au sein de la famille. Note : Bien que pré-publié dans le Jump Kai (magazine seinen), Shaman King Flowers est classé parmi les shônen .