Yûgi Mutô est un jeune lycéen introverti. De part sa petite taille et sa trop grande gentillesse, il est souvent victime des brimades des caïds de l'établissement. Jusqu'au jour où il parvient enfin, après 8 ans de labeur, à réaliser le puzzle antique que son grand père, l'explorateur Sugoroku Mutô, lui avait donné au retour d'un de ses voyages en Egypte. Dès lors, Yûgi se sent investi d'une nouvelle personnalité, plus mûre et plus apte à se défendre. A présent il rend une mystérieuse et expéditive justice dans la cour du lycée, par le biais de jeux ténébreux lourds de conséquences. Cette nouvelle personnalité permet à Yûgi de sortir de sa coquille et de se faire de nouveaux amis. Mais une question demeure : qui est donc cet esprit ancien qui loge dans le Puzzle Millénaire ? Et cet artefact est-il unique ou bien d'autres existent-ils également détenant eux-aussi de grands pouvoirs ? Et surtout, quel est le véritable enjeu de ce cruel Jeu des Ombres qui semble intimement lié au Puzzle ?