Akashi Eito telah gagal total di semua ujian penerimaan sekolah menengah tetapi entah bagaimana, ia menerima surat penerimaan dari sekolah yang ia tidak ingat melamarnya. Namun ia dengan senang hati mendaftar, berharap untuk menjalani kehidupan sekolah yang ideal, tetapi aspirasinya dengan cepat hancur ketika ia menemukan bahwa sekolah misterius ini adalah lembaga pelatihan untuk agen rahasia!