Ketika cahaya misterius tiba-tiba menyelimuti Bumi, manusia terpetrifikasi, membeku menjadi batu. Ribuan tahun kemudian, dunia penuh dengan vegetasi, hutan menggantikan kota-kota yang dulu berdiri dengan bangga. Salah satu yang pertama keluar dari penjara batu mereka adalah Taiju Ooki, yang menemukan bahwa temannya, ilmuwan muda yang brilian bernama Senkuu, telah bersiap untuk kebangkitannya. Sementara Taiju ingin menyelamatkan gadis yang dicintainya, Senkuu bertekad mencari penyebab fenomena aneh tersebut dan mengembalikan dunia ke kemegahannya yang dulu.

Namun ketika mereka membebaskan Tsukasa Shishiou yang sangat kuat yang terkenal untuk mendapatkan keunggulan melawan bahaya di dunia yang tidak dikenal, mereka menyadari bahwa teman baru mereka memiliki rencana lain. Tsukasa melihat situasinya sebagai kesempatan untuk memulai dari awal; bebas dari korupsi dan kehancuran yang diakibatkan oleh teknologi, ia akan berhenti pada apa pun untuk mencapai tujuannya. Dengan kedua belah pihak tidak dapat bersepakat, Senkuu dan dedikasinya pada ilmu pengetahuan akan bentrok dengan Tsukasa dan sifat primitifnya dalam pertempuran zaman.