Dalam perjalanan study tour sekolahnya ke Ninjatown bertema shinobi, seorang pemuda bernama Ichi Kuno secara tidak sengaja menemukan jebakan ninja mistik yang mengirimnya kembali ke Jaman dari Ninja. Tidak memiliki jalan lain, dia harus berpura-pura sebagai seorang gadis dan menyusup ke Akademi Kurenai, sebuah sekolah siswi kunoichi, untuk mengambil gulungan mistis yang bisa mengembalikannya ke masa depan.