Hunter x Hunter diatur di dunia di mana Pemburu ada untuk melakukan segala macam tugas berbahaya seperti menangkap penjahat dan dengan berani mencari harta yang hilang di wilayah yang belum dipetakan. Gon Freecss yang berusia dua belas tahun bertekad untuk menjadi Hunter terbaik yang mungkin dengan harapan menemukan ayahnya, yang adalah seorang Hunter sendiri dan sudah lama meninggalkan putranya yang masih kecil. Namun, Gon segera menyadari jalan untuk mencapai tujuannya jauh lebih menantang daripada yang bisa dia bayangkan.

Sepanjang jalan untuk menjadi Hunter resmi, Gon berteman dengan Leorio, dokter-dalam-pelatihan yang lincah, Kurapika yang pendendam, dan mantan pembunuh bayaran Killua yang pemberontak. Untuk mencapai tujuan dan keinginan mereka sendiri, mereka berempat mengambil Ujian Hunter, terkenal dengan tingkat keberhasilannya yang rendah dan kemungkinan kematian yang tinggi. Sepanjang perjalanan mereka, Gon dan teman-temannya memulai petualangan yang menempatkan mereka melalui banyak kesulitan dan perjuangan. Mereka akan bertemu dengan sejumlah besar monster, makhluk, dan karakter — semuanya sambil belajar apa arti menjadi Hunter sebenarnya.