Cerita dimulai dari Yggdrasil, sebuah game online populer yang diam-diam shut down. Namun, sang tokoh utama Momonga memutuskan untuk tidak log out. Momonga kemudian diubah menjadi sesosok skeleton “penyihir paling kuat.” Dunia terus berubah, dengan karakter non–pemain (NPC) yang mulai merasakan emosi. Tak memiliki orang tua, teman, atau tempat dalam masyarakat, anak muda biasa yang bernama Momonga ini kemudian berusaha untuk mengambil alih dunia permainan yang baru ini.